Бэтмен и его главные враги — Джокер, Харли Квинн, Пингвин, Двуликий и другие — переносятся во времени и пространстве, оказываясь в феодальной Японии эпохи Сэнгоку. Виной всему экспериментальная машина времени, созданная Гориллой Гроддом, которую злодеи захватили в Готэме. Оказавшись в прошлом, Джокер быстро адаптируется к новой реальности, захватывая власть и становясь даймё — военным правителем, который подчиняет себе разрозненные кланы ниндзя. Он перекраивает историю под себя, превращая Японию в театр своего безумия. Брюс Уэйн просыпается в теле самурая, лишённый привычных гаджетов и Бэтмобиля. Ему приходится с нуля осваивать местные обычаи, оружие и тактику, чтобы выжить и найти способ вернуться домой.
В одиночку противостоять армии Джокера невозможно, поэтому Бэтмену приходится искать союзников среди местных жителей и даже среди тех, кого он привык считать врагами. Он встречает Катану — женщину-ниндзя, которая становится его проводником в этом жестоком мире. Вместе они пытаются разрушить планы Джокера, который использует технологии будущего и древние ритуалы, чтобы создать армию роботизированных ниндзя и подчинить себе всю страну. Параллельно Харли Квинн, Пингвин и другие злодеи получают собственные кланы и территории, развязывая хаотичную войну за власть. Бэтмену предстоит не только сражаться с мечами и сюрикенами, но и переосмыслить свою философию: в мире, где честь и смерть идут рука об руку, его правило не убивать подвергается суровому испытанию. Финал решается в грандиозной битве на руинах замка, где Бэтмен, оседлавший гигантского робота в виде летучей мыши, сходится в последнем бою с обезумевшим Джокером, который превратился в демонического сёгуна.
