В темных переулках Токио, где неоновые огни сливаются с тенью, разворачивается новая война. Брюс Уэйн, он же Бэтмен, прибывает в Японию, чтобы расследовать серию загадочных исчезновений ведущих ученых. Его расследование быстро приводит его к логову могущественного и безжалостного клана якудза, «Красной Тени», который захватил контроль над криминальным миром города с помощью необъяснимых технологий. Однако Бэтмен вскоре понимает, что столкнулся не с обычными гангстерами. Лига якудза, возглавляемая таинственным оёмё по имени Такеши Каге, владеет древними искусствами ниндзюцу, превращая их бандитов в элитных воинов-теней, чьи навыки бросают вызов даже его собственным. Чтобы победить, Темному Рыцарю придется не только адаптировать свою тактику, но и погрузиться в мир японского фольклора и скрытых техник, самому освоив путь ниндзя.
По мере углубления в заговор Бэтмен обнаруживает, что истинная цель «Красной Тени» куда страшнее простого контроля над улицами. Каге и его ниндзя-якудза охотятся за артефактом легендарной эпохи самураев — древним механизмом, способным подчинять саму тьму и дарующим власть над всеми тенями в мире. Столкнувшись с армией безмолвных убийц, владеющих магией и технологиями, Бэтмен оказывается на грани поражения. Ему предстоит не просто сражаться, а мыслить как ниндзя, используя хитрость, скрытность и окружающую среду так, как никогда раньше. Эта битва станет испытанием не только его силы, но и его духа, где он должен объединить дисциплину воина Готэма с мудростью древних японских традиций, чтобы предотвратить наступление новой эры вечной ночи, контролируемой преступным синдикатом.