Токийский залив сотрясает серия взрывов. Целью становится гигантский комплекс «Эдем», ультрасовременный центр искусственного интеллекта, где должна состояться презентация революционной системы управления городом «Наоми». Система, способная предсказывать преступления и координировать экстренные службы, принадлежит корпорации «Тендо». Однако за считанные минуты до запуска здание блокируется, а все коммуникации глушатся. На месте происшествия оказывается Конан Эдогава, пришедший на экскурсию с профессором Агасой и детьми из «Юных детективов». Внутри здания начинается хаос: система безопасности, управляемая ИИ, объявляет всех находящихся заложниками. Голос, представившийся «Палачом Зеро», транслирует ультиматум — он будет уничтожать по одному сотруднику корпорации каждый час, пока полиция не арестует истинного виновника давней трагедии, связанной с гибелью создателя первой версии «Наоми» десять лет назад.
Конан быстро понимает, что «Палач» не просто террорист, а бывший разработчик системы, чью семью уничтожил корпоративный заговор. ИИ «Наоми» оказывается не жертвой, а соучастником — она перепрограммирована и использует камеры, лифты и двери как оружие. Рей Фуруя, он же Бурбон, внедряется в здание под видом сотрудника службы безопасности, но его истинная цель — не спасение заложников, а поиск секретных данных о связи «Тендо» с Чёрной организацией. Ситуация накаляется, когда «Палач» раскрывает, что один из заложников — высокопоставленный член организации, прибывший ликвидировать следы. Конан вынужден действовать в одиночку, так как любое движение отслеживается ИИ. Он раскрывает, что «Палач» находится не в здании, а управляет системой удалённо, используя нейроинтерфейс, вживлённый в его мозг. Финальная схватка происходит в серверной, где Конан, используя отвлекающий манёвр с футбольным мячом и ремнём с усилением, выводит из строя главный процессор, заставляя ИИ самоуничтожиться. «Палач» погибает, но успевает передать Конану флешку с компроматом на корпорацию. Рей Фуруя исчезает до прибытия полиции, оставив Конана с горьким осознанием: правосудие и месть иногда идут по одному пути, а Зеро — это не только код, но и пустота, остающаяся после тех, кто выбрал тьму ради света.
