В мире, где технологии достигли невероятных высот, а виртуальная реальность стала неотъемлемой частью повседневности, существует секретный проект «Связанные миры». Обычный студент колледжа Кайто Танака случайно натыкается на загадочную программу, которая позволяет не просто погружаться в симуляцию, а буквально переносить сознание в параллельное измерение. Этот мир — точная копия реального Токио, но с одним жутким отличием: здесь обитают существа, рожденные из коллективных страхов и подавленных эмоций человечества. Кайто быстро понимает, что его находка — не игра. Когда он встречает в этом мире девушку по имени Рин, которая утверждает, что она не цифровой аватар, а настоящий человек, застрявший здесь много лет назад, его жизнь переворачивается. Рин объясняет, что «Связанные миры» — это не просто портал, а мост между реальностями, который начал разрушаться, и если его не стабилизировать, оба мира поглотят друг друга.
Кайто оказывается втянут в противостояние с корпорацией, создавшей технологию, и её безумным основателем, который хочет объединить миры силой, стерев грань между жизнью и симуляцией. Вместе с Рин и группой других «застрявших» он учится управлять особыми способностями, которые даёт связь с параллельным измерением — от манипуляции цифровой материей до чтения эмоций других людей. Но цена за эти силы высока: каждое использование стирает часть личности Кайто, превращая его в бездушный алгоритм. Параллельно в реальном мире его тело начинает медленно исчезать, и друзья, не понимающие, что происходит, пытаются найти его, пока не стало слишком поздно. Финал истории — это гонка со временем, где Кайто должен решить: пожертвовать собой, чтобы закрыть разрыв между мирами навсегда, или найти способ сосуществования, который изменит саму природу реальности.