Эй, президент Трап! — это школьная романтическая комедия, которая начинается с того, что обычный парень Рётаро случайно становится свидетелем того, как его одноклассница, а по совместительству президент студсовета, Мидзуки, переодевается в мужскую форму. Оказывается, что образцово-показательная и строгая девушка, которую все уважают и немного побаиваются, на самом деле вынуждена притворяться парнем, чтобы сохранить семейную традицию и место в элитной школе. Теперь, когда тайна раскрыта, Рётаро оказывается втянутым в водоворот абсурдных ситуаций: он становится её личным помощником, хранителем секрета и, по совместительству, мишенью для её внезапных приступов паники. Мидзуки, привыкшая контролировать всё и вся, в присутствии Рётаро то и дело теряет маску холодной красавицы, превращаясь в смущённую и неуклюжую девчонку, что приводит к куче неловких и смешных моментов.
Постепенно их вынужденное сотрудничество перерастает в нечто большее. Рётаро начинает замечать, что за строгим фасадом скрывается добрая и заботливая, хоть и слегка зацикленная на порядке, личность. Мидзуки же, в свою очередь, учится доверять и расслабляться, понимая, что быть идеальной не так уж и важно. Однако их идиллию нарушает появление других членов студсовета: подозрительного вице-президента, который что-то подозревает, и энергичной девушки, которая влюбляется в «парня» Мидзуки. Всё это превращает школьные будни в череду комичных недоразумений, попыток сохранить секрет и искренних, трогательных моментов, когда два совершенно разных человека понимают, что их притяжение друг к другу сильнее любых правил и масок.