Второй сезон «Чёрного клевера» начинается с того, что Аста и его отряд «Чёрные быки» возвращаются после разрушения подземелья ведьм. Казалось бы, победа над ведьмой далась тяжело, но главный герой не может насладиться отдыхом. В Королевстве Клевера нарастает напряжение: магические силы начинают вести себя нестабильно, а в тенях пробуждаются древние угрозы. Аста, всё ещё не способный полноценно контролировать свою антимагию, сталкивается с новым вызовом — таинственным магом по имени Лихт, который оказывается лидером эльфов. Выясняется, что эльфы, считавшиеся вымершим народом, на самом деле были преданы людьми сотни лет назад и теперь жаждут мести. Лихт использует силу реинкарнации, чтобы вселять души эльфов в тела магов Королевства, превращая бывших союзников во врагов. Юно, соперник Асты, попадает под влияние этого заклинания, и теперь друзьям предстоит сражаться не только с внешними монстрами, но и с теми, кого они считали семьёй.
Параллельно раскрывается тёмная тайна прошлого: первый король магии и его связь с демонами. Аста узнаёт, что его собственный гримуар с пятилистным клевером — это не просто редкий артефакт, а печать, сдерживающая демона Либера. В попытке спасти Юно и остановить эльфийское возрождение, Аста вступает в бой с Лихтом, но терпит сокрушительное поражение. В отчаянный момент он заключает сделку с демоном внутри гримуара, получая новую, чудовищную форму — Чёрного Асту. Эта сила даётся ценой контроля над телом, и каждый раз, используя её, Аста рискует навсегда потерять себя. Финал сезона — масштабная битва на руинах столицы, где смешиваются армии магов, эльфов и пробудившихся демонов. Юно, освободившись от чужой воли, объединяется с Астой, чтобы вместе ударить по Лихту. Но в последний момент выясняется, что за всем стоит не эльф, а древний демон Загрейд, который манипулировал всеми с самого начала. Сезон обрывается на клиффхэнгере: Аста и Юно стоят перед лицом истинного зла, а Королевство лежит в руинах, оставляя зрителя в ожидании третьего сезона.
