Первый сезон оставил зрителей на грани нервного срыва: Канато, наконец осознав свои чувства к Хинате, разбил сердце Миюки, которая в отчаянии исчезла, оставив лишь коробку горького шоколада с запиской «Ты выбрал не ту». Второй сезон начинается ровно через месяц. Канато и Хината пытаются строить отношения, но их преследует призрак Миюки. Она не просто ушла — она перешла в параллельную кондитерскую академию, где под руководством загадочного сенсея Куросаки осваивает запретные техники «шоколадной магии». Её десерты теперь не просто вызывают эмоции — они способны переписывать воспоминания, заставляя людей забывать тех, кого они любили. Канато начинает замечать, что Хината всё реже вспоминает их совместное прошлое, а на её лице всё чаще появляется отсутствующее выражение. Тем временем в городе происходит серия странных случаев: влюблённые пары внезапно теряют интерес друг к другу, а на месте их встреч находят обёртки от шоколада с логотипом «Чёрная вишня» — новой марки, которую продвигает таинственная девушка в маске.
Параллельно раскрывается тёмная тайна самой академии «Шоколад Купидона». Оказывается, основатель школы, дедушка Хинаты, создал рецепт «абсолютного шоколада» — десерта, способного не только вызывать любовь, но и подчинять волю. Рецепт был разделён на три части и спрятан в трёх ученицах: Хинате, Миюки и тихой отличнице Сакуре, которая до сих пор оставалась в тени. Куросаки — бывший ученик дедушки, жаждущий воссоединить рецепт, чтобы воскресить свою умершую возлюбленную. Он манипулирует Миюки, убеждая её, что только так она сможет заставить Канато полюбить её по-настоящему. Кульминация наступает на ежегодном фестивале шоколада, где три девушки должны представить свои финальные работы. Хината готовит торт «Воспоминание», который должен вернуть ей чувства, но Миюки подменяет ингредиенты. Канато оказывается перед невозможным выбором: съесть шоколад Хинаты, чтобы спасти её от забвения, или шоколад Миюки, чтобы навсегда остаться с ней. В последний момент Сакура, которая на самом деле была тайной хранительницей равновесия, разрушает все три десерта, открывая правду: настоящая любовь не требует магии, а шоколад — лишь проводник, а не источник чувств. Финал остаётся открытым: Миюки, осознавшая свою ошибку, уезжает учиться во Францию, но перед отъездом дарит Канато плитку шоколада с надписью «Настоящий вкус — это боль». Хината и Канато остаются вдвоём, но их отношения теперь отравлены недоверием, и зритель понимает: сладкое послевкусие первого сезона сменилось горькой необходимостью строить любовь с нуля, без всякой магии.
