Третий сезон «Братик-братик» начинается с того, что старший брат, наконец, получает повышение, о котором так долго мечтал. Казалось бы, жизнь налаживается: работа перестаёт быть адом, а младший брат наконец-то переходит в старшую школу. Но радость длится недолго. Новый проект требует от старшего брата постоянных командировок, и впервые за много лет братьям приходится жить раздельно. Младший, привыкший к круглосуточной опеке и заботе, впадает в уныние. Он пытается быть самостоятельным, но быт валится из рук: соль вместо сахара, пересоленный суп и вечно потерянные ключи. Параллельно в школе появляется новый учитель — молодой и харизматичный, который проявляет к младшему брату подозрительное внимание. Старший, узнав об этом из случайного звонка, срывается с командировки посреди ночи, чтобы лично разобраться с «опасным типом». Но, приехав, он застаёт брата не в опасности, а счастливо смеющимся над шутками учителя в кафе. Впервые старший чувствует не просто тревогу, а жгучую ревность, которую сам себе не может объяснить.
Ситуация накаляется, когда младший брат случайно находит старый дневник старшего, датированный временами их детства. В нём старший, ещё будучи подростком, писал о том, как ненавидел свою жизнь из-за необходимости постоянно нянчиться с младшим, как мечтал сбежать и как однажды чуть не оставил его одного в парке. Младший, потрясённый прочитанным, замыкается в себе. Он перестаёт просить о помощи, начинает готовить сам (с переменным успехом) и даже записывается в кружок кендо, чтобы стать сильнее и независимее. Старший, чувствуя холодность, пытается вернуть прежнее тепло, но натыкается на стену. Кульминацией становится эпизод, когда младший брат простужается и, бредя в горячке, зовёт не старшего, а маму. Впервые старший осознаёт, что для младшего он всегда был не просто братом, а заменой родителя, и что его собственная гиперопека, возможно, была не столько заботой, сколько способом заглушить чувство вины за ту давнюю детскую ненависть. Финал сезона — это не хэппи-энд, а начало нового этапа. Братья садятся и впервые говорят по душам, не прячась за бытовыми шутками и придирками. Старший признаётся, что боится, что младший вырастет и перестанет в нём нуждаться. Младший плачет и говорит, что никогда не перестанет, но просит дать ему право иногда ошибаться самому. Последняя сцена: они вместе ужинают, но теперь младший сам накладывает еду старшему, а тот улыбается, понимая, что их связь становится не слабее, а просто другой — более взрослой и осознанной.
