Мир изменился. Империя Священной Британии пала, но её тень всё ещё накрывает континент. Лелуш ви Британия, он же Зеро, заплатил за победу самую высокую цену — собственную жизнь и душу, став тираном, чтобы объединить человечество против общего врага. Однако его жертва не принесла долгожданного покоя. Проходит год, и хрупкий мир, построенный на лжи и крови, начинает трещать по швам. В тени бывшей империи пробуждаются старые силы, не желающие мириться с новым порядком. Те, кто когда-то был союзником, становятся врагами, а те, кого считали мёртвыми, возвращаются, чтобы закончить начатое. Студентка Академии Ашфорд, Нанналли, пытается удержать равновесие, но её идеалы разбиваются о жестокую реальность политических интриг. В это же время таинственная организация, использующая технологии, превосходящие даже Найтмеры, начинает сеять хаос, ставя под вопрос само существование Соединённых Штатов Японии. Старые раны открываются, и прошлое, которое Лелуш пытался похоронить вместе с собой, возвращается в облике тех, кто знает правду о «нулевом реквиеме».
В этом водовороте событий появляется тот, кого все считали погибшим. Лелуш, лишённый силы Гиаса и памяти о своём истинном «я», живёт тихой жизнью под чужим именем, не подозревая о своей роли в истории. Но судьба не отпускает его. Когда новая угроза нависает над теми, кто ему дорог, и когда Нанналли оказывается на грани гибели, дремлющая внутри него воля пробуждается. Ему снова предстоит надеть маску Зеро, но на этот раз — без всесильного дара повелевать. Враг не просто силён — он знает все ходы Лелуша, его тактику и слабости, ведь этот враг — порождение его собственных амбиций и ошибок. Восстание, которое он начинает, — это не борьба за мировое господство, а отчаянная попытка защитить будущее, которое он создал ценой всего. Старые друзья и враги вновь собираются на поле боя, чтобы решить, какой будет новая эра: эра свободы или эра нового, ещё более страшного порядка, где даже мёртвые не обретают покоя.