Второй сезон «Космического линкора Тирамису» подхватывает историю ровно в тот момент, когда зритель уже свыкся с абсурдностью происходящего. Субару Итиносэ, лучший пилот межгалактического флота Земли, продолжает нести службу на флагманском корабле. Однако его главные битвы по-прежнему разворачиваются не в открытом космосе, а в тесных отсеках линкора. В новом сезоне к уже знакомым врагам — собственной лени, странным сослуживцам и нелепым приказам — добавляется неожиданный соперник. В экипаж попадает загадочный новобранец, который демонстрирует поразительное сходство с Субару не только во внешности, но и в манере поведения. Выясняется, что это его клон, созданный в рамках секретного эксперимента. Теперь пилоту приходится делить пространство не только с вентиляцией, куда он любит залезать в минуты отдыха, но и с собственной копией, которая копирует даже его привычку философствовать о бутербродах в самый разгар сражения.
Параллельно с этим командование поручает Субару новую миссию, которая на первый взгляд кажется простой: охранять груз с особо ценным сыром. Но, как водится, даже рутинное задание оборачивается чередой катастроф. В дело вмешиваются инопланетные формы жизни, одержимые желанием украсть провизию, неуклюжие механики, которые случайно перепрограммируют автопилот, и собственный брат Субару, который решает, что лучший способ помочь — это устроить на корабле тотальную уборку с применением боевых дроидов. Второй сезон углубляет гротескный юмор: здесь герой может вести серьезный разговор с адмиралом, одновременно пытаясь достать застрявшую в автомате с газировкой банку, или отражать атаку космических пиратов, размышляя о том, как правильно чистить зубы. Абсурд достигает апогея, когда Субару приходится сражаться с собственным отражением в зеркале, которое обретает самостоятельность и начинает давать ему советы по ведению боя. В финале сезона выясняется, что все происходящее — часть грандиозного плана по тестированию психологической устойчивости пилотов, но даже это откровение не мешает герою с невозмутимым лицом продолжить поиски идеального места для дневного сна прямо в рубке управления.
