Второй сезон начинается ровно с того момента, где закончился первый. Восстановление мира после Катаклизма идет полным ходом, но за фасадом всеобщего единства зреет раскол. Главный герой, получивший в финале прошлого сезона доступ к запретному знанию, теперь вынужден нести бремя секрета, который может уничтожить хрупкое перемирие. Он понимает, что враг не был уничтожен — он лишь сменил форму, просочившись в структуры власти. Вместе с верными союзниками герой пытается найти тех, кто стоит за новыми аномалиями, но сталкивается с предательством там, где его меньше всего ждали. Старые раны открываются, а новые угрозы заставляют сомневаться в собственной человечности. Каждый шаг вперед дается через боль, и цена истины оказывается выше, чем кто-либо мог предположить.
Параллельно развивается линия таинственного Ордена, который считает, что Откровение было лишь прелюдией к настоящему апокалипсису. Они уверены, что герой — не спаситель, а катализатор конца света, и начинают охоту. В центре второго сезона — моральный выбор: спасти мир, пожертвовав собой и близкими, или позволить всему идти своим чередом, надеясь на лучшее. Сюжет закручивается вокруг древнего артефакта, способного либо окончательно запечатать разлом между мирами, либо открыть врата для еще более страшной сущности. Герой оказывается в ловушке между долгом и чувствами, когда выясняется, что один из его ближайших друзей — шпион, внедренный много лет назад. Финальные серии взрываются каскадом откровений, где каждый персонаж раскрывает свою истинную суть, а финал оставляет зрителя на грани нервного срыва, намекая, что третий сезон будет самым мрачным и беспощадным.