Мир изменился, когда из глубин океана поднялись колоссальные разломы, извергающие в атмосферу загадочную субстанцию — «Глубинную мглу». Она не просто затуманивала горизонт, она перекраивала реальность, превращая обычную воду в порталы, а морских существ — в чудовищ, подчиняющихся искажённым законам физики. Человечество отступило на возвышенности, построив города-крепости на скалистых пиках бывших гор. Главный герой, Кенто, — бывший пилот боевого экзоскелета, который теперь работает ловцом аномалий. Его задача — нырять в «карманы» искажённого пространства, чтобы извлекать редкие ресурсы, оставшиеся от старого мира. Во время одного из погружений он натыкается на затонувший исследовательский корабль, где вместо ценного груза находит девочку в криогенной капсуле. Она не помнит своего прошлого, но её тело светится изнутри, притягивая самых опасных хищников Мглы. Кенто понимает, что она — ключ к разгадке катастрофы, но каждый, кто узнаёт о ней, пытается её использовать.
Погоня за ответами заводит героев на дно бывшего Тихого океана, где гравитация работает вспять, а время течёт по спирали. Там, в руинах подводного мегаполиса, они обнаруживают, что «Глубинная мгла» — это не природный катаклизм, а последствия неудачного эксперимента по слиянию человеческого сознания с коллективным разумом планеты. Девочка, которую назвали Юи, была последним «чистым» носителем этого протокола. Теперь океан пытается завершить начатое, поглощая остатки суши, чтобы создать единый организм. Кенто предстоит сделать выбор: позволить Юи подключиться к сети и, возможно, утратить свою личность, но спасти мир от хаоса, или найти способ разорвать связь, обрекая человечество на вечную борьбу с порождениями собственной гордыни. В финале, стоя на краю разлома, где волны светятся бирюзовым огнём, он понимает, что океан не был врагом — он просто пытался залечить рану, которую люди нанесли сами себе.