Юки и её брат Хиро, связанные не только кровью, но и странной способностью слышать «голоса» искажённых пространств, пытаются вести обычную жизнь после событий в Токио. Но тишина длится недолго. Внезапно по всему миру начинают открываться новые разломы, и на этот раз они ведут не просто в параллельные миры, а в пульсирующие, живые структуры, напоминающие гигантские организмы. Хиро начинает чувствовать, что эти «миры» не пассивны — они растут, поглощая реальность, и в их центре бьётся нечто, похожее на сердце. Юки, пытаясь защитить брата, сталкивается с организацией, которая изучает эти феномены не ради спасения, а ради контроля. Они уверены, что ключ к остановке катастрофы — в способности Хиро, но сам парень всё глубже увязает в видениях, где его тянет к источнику, который шепчет ему на неизвестном языке.
Параллельно в руинах одного из первых разломов Юки находит девочку, которая утверждает, что помнит «предыдущую версию» этого мира — ту, где Сэнкоролл уже случился, но пошёл по другому пути. Эта девочка, Аой, не помнит своего прошлого, но её тело покрыто узорами, идентичными тем, что проступают на стенах разломов. Она предупреждает: если Хиро поддастся зову, он не закроет врата, а станет их новым «ядром». Юки приходится выбирать: довериться брату, который всё больше отдаляется, или пойти против него, рискуя разрушить их связь навсегда. В финале выясняется, что разломы — это не болезнь, а попытка мира «перезагрузиться», и только жертва, способная принять обе реальности одновременно, может остановить коллапс. Хиро и Юки, сцепившись руками, входят в сердце разлома, где их тела начинают распадаться на частицы, но вместо гибели они становятся новыми «нитями», удерживающими ткань бытия от разрыва. Мир замирает, а затем перестраивается заново — с ними обоими, но с памятью о том, что они видели по ту сторону.
