Ходят слухи, что есть девушка, способная управлять погодой. Достаточно ей помолиться — и тучи рассеются, уступая место солнцу. Шестнадцатилетний Ходака Мориока сбегает из дома на отдаленном острове в дождливый Токио. У него нет денег, работы и знакомых, а город встречает его бесконечным ливнем, который длится уже несколько недель. Случай сводит его с Хиной Амано — сиротой, которая живет с младшим братом и вынуждена подрабатывать, чтобы свести концы с концами. Хина раскрывает Ходаке свой секрет: она и есть то самое «дитя погоды», способное разгонять облака. Вместе они решают зарабатывать на этом даре, предлагая людям ясную погоду за небольшую плату. Но каждый раз, когда Хина использует свою силу, ее тело становится прозрачнее, а мир вокруг — все более безумным. Токио тонет в дождях, реки выходят из берегов, а в новостях говорят о климатической аномалии. Ходака понимает, что цена за солнечные дни может оказаться слишком высокой, и что Хина постепенно исчезает, растворяясь в небе.
Полиция начинает поиски сбежавшего подростка, а Хина сталкивается с ужасной правдой: ее дар — это не благословение, а древнее проклятие. Чтобы остановить бесконечный дождь и спасти Токио от потопа, она должна стать жертвой — исчезнуть навсегда, превратившись в часть неба. Ходака отказывается принимать такую цену. Он бросает вызов самой природе, решая, что счастье одного человека важнее погоды для миллионов. В финальной сцене он пробивается сквозь бурю в заброшенное святилище на крыше, где Хина готовится к жертвоприношению. Ходака хватает ее за руку и произносит слова, которые переворачивают весь смысл истории: не нужно спасать мир ценой любимого человека. Пусть Токио тонет, пусть дождь идет вечно — он выбирает ее. Вместе они прыгают с крыши, и Хина перестает быть «дитем погоды», теряя свою силу. Дождь продолжается, но они остаются вдвоем. Три года спустя Ходака возвращается в затопленный Токио, где люди привыкли жить под водой, и находит Хину, которая ждала его в той самой церкви, где они встретились. Мир изменился, но они снова вместе.
