Третий сезон «Психопаспорта» переносит действие в 2120 год, спустя восемь лет после событий второго сезона. Система Сивилла всё ещё контролирует Японию, но её власть начинает давать трещины. В центре событий — два новых инспектора Бюро общественной безопасности, Арцунэ Симацуки и Кэй Михаил Игнатов. Они не похожи на предыдущих героев: Симацуки — хладнокровный аналитик, способный просчитывать ходы преступников на несколько шагов вперёд, а Игнатов — бывший военный с загадочным прошлым и уникальной способностью видеть «цвет» преступных замыслов до того, как они будут совершены. Вместе они образуют тандем, который должен раскрыть серию убийств, где жертвами становятся беженцы — люди, сбежавшие в Японию из охваченных войной стран. Но эти смерти не случайны: они — часть сложной многоходовой игры, в которой замешаны высокопоставленные чиновники, коррумпированные политики и сама Сивилла.
По мере расследования герои выходят на след таинственной организации «Бифрост», которая, судя по всему, способна манипулировать системой и скрывать преступления от сканеров. В отличие от предыдущих сезонов, где угроза исходила от психопатов с нечитаемым коэффициентом, здесь враг действует хладнокровно и рационально, используя бюрократические лазейки и человеческие слабости. Симацуки и Игнатову приходится не только ловить убийц, но и разбираться в собственных тёмных секретах: прошлое Игнатова связано с военными экспериментами, а Симацуки скрывает, что его брат был ликвидирован как потенциальный преступник. Кульминация сезона выводит их на прямой конфликт с Сивиллой, когда выясняется, что система сама допустила серию убийств ради сохранения стабильности. Финал оставляет открытый вопрос: можно ли доверять абсолютной справедливости, если она построена на лжи, и готовы ли герои переступить черту, чтобы защитить тех, кого система считает лишними.
