В храме на окраине шумного мегаполиса живут три миниатюрные жрицы. Они ростом с ладонь, носят крошечные хаори и священные верёвки дзимбаори, а их главная обязанность — поддерживать порядок в мире духов. Старшая, Юдзуру, отвечает за защиту границ между мирами и носит ритуальный меч, который для неё размером с зубочистку. Средняя, Хината, управляет погодой с помощью веера, сложенного из лепестков сакуры. Младшая, Кокоро, ещё только учится слышать голоса камней и деревьев, но именно её наивная доброта часто оказывается решающей. Каждый день они сталкиваются с мелкими, но опасными происшествиями: то заблудший ёкай застрянет в вентиляции, то разгневанный дух старого телевизора устроит короткое замыкание, то проклятие из забытого ритуала начнёт множить пыльцу, вызывающую у людей аллергию на ложь.
Но настоящие проблемы начинаются, когда в храм приходит обычный человек — студент-реставратор Рёта, который не видит духов и считает жриц ожившими фигурками из магазина сувениров. Из-за его неверия барьер между мирами начинает трескаться, и в город просачиваются крупные, агрессивные существа, с которыми миниатюрные жрицы не могут справиться в одиночку. Юдзуру понимает: чтобы спасти равновесие, Рёта должен не просто поверить в магию, а сам стать временным сосудом для духа-хранителя храма. Только вот дух этот — гигантский ленивый кот-оборотень, который соглашается помогать лишь в обмен на ежедневные подношения скумбрии и полный запрет на резкие движения. Пока жрицы пытаются обучить неуклюжего студента основам сосуществования с духами, а кот-хранитель то засыпает в самый ответственный момент, в городе зреет буря: кто-то намеренно разрушает старые синтоистские алтари, выпуская на волю древнее зло, которое помнит времена, когда жрицы были не игрушечными, а великими воительницами.