Мир Зенонзарда — это бескрайний океан, над которым на гигантских летающих островах живут люди. Когда-то они владели технологией управления колоссальными биомеханическими драконами, но секрет их создания был утерян. Теперь эти существа, Зенонзарды, пробуждаются сами, сея хаос и разрушение. Главный герой, Дзин, — обычный парень, работающий в службе эвакуации. Его жизнь переворачивается, когда во время очередного нападения он случайно оказывается внутри одного из драконов и обнаруживает, что может управлять им силой мысли. Оказывается, Зенонзарды — не просто машины, а живые организмы, связанные с избранными людьми через эмоциональную связь. Дзин становится пилотом, но его способности нестабильны: дракон реагирует на страх и гнев, что делает его опасным как для врагов, так и для союзников.
Параллельно раскрывается тайна происхождения Зенонзардов. Древняя цивилизация создала их как оружие, но что-то пошло не так, и теперь драконы возвращаются, чтобы уничтожить человечество. Дзин и его напарница, загадочная девушка Мира, которая тоже умеет управлять драконом, пытаются найти способ остановить катастрофу. Но чем глубже они копают, тем яснее становится: их собственные судьбы напрямую связаны с пробуждением Зенонзардов. В прошлом Дзина скрыта правда, которая может либо спасти мир, либо погубить его окончательно. Враги не только снаружи — среди людей есть те, кто хочет использовать драконов для власти, и те, кто боится пилотов как новой угрозы. Дзину приходится бороться не только с монстрами, но и с собственным прошлым, чтобы понять, кто он на самом деле и какую цену придется заплатить за контроль над силой, способной стереть с лица земли целые острова.