Второй сезон «Энциклопедии жалких созданий» начинается с того, что Мудзика, наконец, добирается до легендарного архива, где хранятся полные записи о всех «жалких» существах. Но вместо ответов он находит лишь пустые полки и единственную уцелевшую страницу с загадочным символом. Параллельно в городе начинают пропадать люди, а на их местах появляются странные, почти незаметные глазу сущности — те, кого раньше считали выдумками или галлюцинациями. Мудзика понимает: кто-то намеренно стирает информацию о монстрах, чтобы скрыть их истинную природу. Вместе с верной Ивако он отправляется в путешествие по забытым уголкам Японии, где сталкивается с существами, которые не просто пугают, а вызывают щемящую жалость — например, с духом девочки, которая не может перестать считать чужие шаги, или с ёкаем, превращающимся в тень отца, которого никто не ждет дома.
Постепенно Мудзика выясняет, что исчезновение записей связано с тайным обществом, которое веками собирало «жалких» существ в одном месте, чтобы использовать их силу для поддержания хрупкого равновесия между мирами. Но эксперимент вышел из-под контроля: монстры начали сливаться с людьми, превращая их в подобие себя — потерянных, забытых, вечно голодных до чужого внимания. В финале сезона Мудзика находит главного хранителя архива, который оказывается не человеком, а первым «жалким» существом, созданным из слез всех отвергнутых детей мира. Он предлагает Мудзике выбор: уничтожить всех монстров, стерев память о боли, или позволить им жить, обрекая людей на вечное соседство с собственными страхами и слабостями. Мудзика отказывается от обоих вариантов и решает переписать энциклопедию заново, записывая в нее не только ужасы, но и истории тех, кто научился сосуществовать со своими внутренними чудовищами. Сезон заканчивается кадром, где Ивако впервые улыбается, глядя на свое отражение в луже, а Мудзика понимает: жалкими нас делают не монстры, а нежелание их понять.
