В третьем сезоне «Друзей-зверушек» всё начинается с того, что в тихий городок, где живут наши герои, приезжает загадочный цирк. Его директор — лис с необычным механическим глазом — обещает показать «чудо, которое перевернёт представление о животных». Но местные зверята быстро замечают странности: гастролёры никогда не снимают костюмов, а по ночам из их фургонов доносится жужжание и скрежет. Щенок Тим, который теперь работает курьером в местной пекарне, случайно замечает, что один из цирковых кроликов пытается сбежать, но его ловят с помощью металлических щупалец, вылезающих из рукава клоуна. Вместе с бельчонком Чипом и кошкой Мурой Тим решает выяснить правду. Оказывается, директор цирка собирает редких зверей, чтобы пересадить их сознание в роботизированные тела — так он хочет создать идеальных артистов, которые никогда не устают, не болеют и не стареют. Под куполом цирка уже томятся десятки пленников, включая старого друга Тима — медвежонка Боба, пропавшего год назад. Теперь друзьям нужно не только освободить всех, но и помешать директору запустить главный номер — шоу с «вечным зверем», гигантским механическим волком, управляемым сознанием настоящего волка.
Параллельно развивается линия с зайчихой Лизой, которая недавно переехала в город и подружилась с местными. Она мечтает стать иллюзионисткой, но боится сцены из-за заикания. Когда цирк похищает её старшего брата, Лизе приходится преодолеть свой страх и проникнуть в труппу под видом новой артистки. Там она узнаёт, что механический глаз директора — не просто протез, а устройство, позволяющее читать мысли животных. Чтобы обмануть его, друзья разрабатывают план: Тим и Чип создают помехи с помощью старых радиодеталей из мастерской барсука, а Мура отвлекает охрану, устроив «кошачий концерт» на крыше. В финале, когда механический волк уже выходит на арену, Лиза использует свой талант: она показывает фокус с исчезновением, который на самом деле отключает питание всего цирка. В темноте зверята выводят пленников через подземный ход, а директор, пытаясь запустить аварийный генератор, случайно замыкает свой глаз и теряет контроль над роботами. Освобождённые животные решают не мстить, а превратить старый цирк в приют для тех, кто потерял дом. Боб, вернувшись, помогает Тиму открыть свою пекарню, а Лиза наконец выступает на настоящей сцене — пусть и с лёгким заиканием, но с огромной улыбкой. Последняя сцена: друзья сидят на крыше, глядя на закат, а вдалеке механический волк, теперь без управления, мирно лежит в поле, поросшем цветами.