Солнце клонится к закату над городом, где каждый переулок может стать последним. Прошел год после событий первого сезона. Синдзи, сумевший вырваться из кровавого колеса корпорации «Нексус», пытается построить новую жизнь. Он работает в маленькой автомастерской на окраине, ходит на свидания и даже завел кота. Но прошлое не отпускает. Однажды ночью его бывший напарник, числившийся погибшим, появляется на пороге его дома с пулей в плече и предупреждением: «Нексус» не просто восстановился — они создали новое поколение киллеров, генетически модифицированных и лишенных эмоций. Эти солдаты, известные как «Марионетки», уже начали охоту на всех выживших оперативников старой гвардии. Синдзи понимает: если он не вмешается, его друзья, включая ту самую девушку из цветочного магазина, окажутся в списке на ликвидацию. Приходится снова браться за пистолет, но на этот раз ставки выше — на кону не просто его жизнь, а возможность навсегда уничтожить систему, которая его создала.
Второй сезон превращается в мрачный нуарный триллер, где Синдзи вынужден объединиться с врагами из прошлого, чтобы противостоять бездушным машинам убийства. Каждая схватка становится испытанием не только навыков, но и человечности. Новые персонажи — беглый ученый, создавший «Марионеток» и теперь раскаивающийся, и загадочная девушка-киборг, которая начинает проявлять эмоции вопреки программе — добавляют слои моральной неоднозначности. Кульминация разворачивается в заброшенном небоскребе, где Синдзи предстоит сделать невозможный выбор: уничтожить сервер с данными всех киллеров, обрекая сотни невинных на смерть от передозировки препаратами контроля, или пожертвовать собой, чтобы дать шанс на свободу тем, кто еще может быть спасен. Финал оставляет горькое послевкусие — победа одержана, но цена оказалась чудовищной, а в последней сцене камера показывает, как в темной лаборатории загорается экран с надписью «Проект Феникс. Фаза 2».
