Второй сезон аниме «Мы не можем учиться!» подхватывает историю ровно с того момента, где закончился первый. Юига Нариюки, гениальный ученик, вынужденный подрабатывать репетитором для одарённых, но безнадёжно отстающих по одному предмету девушек, продолжает балансировать между учебой и странными просьбами своих подопечных. Огура Руи, чья страсть к литературе граничит с одержимостью, всё чаще отвлекается от написания романов на мысли о своём наставнике. Фурухаси Фумино, талантливая пианистка, чья игра завораживает, но чьи оценки по точным наукам ужасают, пытается доказать отцу, что может быть самостоятельной. Кирю Сэнсэй, учительница математики, которая втайне мечтает о карьере профессиональной пловчихи, неожиданно для себя начинает видеть в Нариюки не просто ученика, а человека, способного понять её истинные желания. А Такамото Урука, гимнастка с невероятной гибкостью и упрямством, решает, что её будущее не ограничивается одним спортом, и упорно штурмует учебники, чтобы поступить в престижный вуз.
В новом сезоне привычная рутина репетиторства взрывается чередой абсурдных и трогательных событий. Школьный фестиваль превращается в поле битвы амбиций и скрытых чувств, где каждая из девушек пытается привлечь внимание Нариюки, но делает это максимально неловко. Появляются новые персонажи, которые только подливают масла в огонь: младшая сестра одной из героинь, готовая на всё ради брата, и загадочный соперник, который видит в Нариюки не друга, а препятствие. Напряжение между учебой и личной жизнью нарастает: Нариюки разрывается между долгом репетитора и собственными зарождающимися чувствами, которые он упорно отрицает. Каждая серия — это новый поворот, где попытки сосредоточиться на математике или физике неизбежно приводят к неловким ситуациям, случайным прикосновениям и откровенным признаниям, которые тут же маскируются под шутки. Финал сезона подводит героев к черте, за которой уже невозможно делать вид, что всё это просто дружба и взаимопомощь в учёбе.