Первый сезон закончился на грани катастрофы: Юки, наконец, осознавшая всю глубину своей связи с загадочным духом луны Цукиёми, ценой невероятных усилий смогла временно стабилизировать его угасающую сущность. Однако цена была высока — равновесие между миром людей и миром духов оказалось нарушено. Второй сезон начинается ровно через месяц после этих событий. Юки просыпается в своей комнате, но мир вокруг неузнаваемо изменился. Лунный свет больше не кажется мягким и успокаивающим — он приобрел болезненный, серебристо-алый оттенок, а тени, отбрасываемые предметами, живут собственной жизнью. Цукиёми, хоть и спасенный, теперь привязан к Юки гораздо сильнее, чем прежде: он не может отойти от нее дальше, чем на несколько метров, и его сила, вместо того чтобы расти, начала высасывать жизненную энергию из самой Юки. Каждую ночь ей снятся кошмары, где она тонет в океане лунного света, а голос, похожий на ее собственный, шепчет о древнем договоре, который нельзя было нарушать.
Параллельно в городе начинают происходить странные происшествия: люди, которые долго смотрели на полную луну, впадают в странный сомнамбулический транс и начинают рисовать на стенах и асфальте сложные пентаграммы. Местная полиция списывает это на массовый психоз, но Юки понимает — это просачивается энергия из мира духов, которая ищет новый сосуд. Ситуация осложняется появлением таинственного Курая, молодого человека с глазами разного цвета, который утверждает, что является потомком древнего рода лунных жрецов, призванных следить за равновесием. Он обвиняет Юки в том, что она, спасая Цукиёми, нарушила космический закон, и теперь луна начала медленно притягивать к себе Землю, что грозит не только климатическими катастрофами, но и полным уничтожением обоих миров. Курай предлагает единственный выход — провести обряд "Разрыва нити", который навсегда разлучит Юки и Цукиёми, но позволит вернуть все на круги своя. Однако сам обряд требует жертвы: один из них должен добровольно отказаться от всех воспоминаний о другом. Юки оказывается перед мучительным выбором: позволить миру погибнуть или забыть единственное существо, которое понимало ее без слов. Цукиёми, в свою очередь, начинает вести себя странно — он все чаще замыкается в себе, а его лунная сущность начинает проявлять агрессию, пугающую даже его самого. В финале первого эпизода второго сезона выясняется, что Курай не так прост: он сам был когда-то влюблен в духа луны, но был отвергнут, и теперь его желание "спасти мир" — лишь прикрытие для мести. Юки придется не только бороться за свою любовь, но и разгадать тайну истинной природы Цукиёми, который, возможно, сам не помнит, кем был до того, как стал духом. Сможет ли она найти третий путь, не разрушив ни мир, ни себя? Или лунная песнь, которую они поют вдвоем, обернется реквиемом по всему живому?
