Три десятилетия спустя после Третьего Удара тишина над Токио-3 обманчива. Хотя Лилит обезглавлен, а Адам возвращён, мир, собранный из осколков прошлого, всё ещё хранит шрамы. Восстановленное человечество, лишённое AT-полей, пытается жить в новой, хрупкой реальности, где границы между индивидуальностями стёрты, а память о боли и одиночестве стала общим наследием. Однако из глубин коллективного бессознательного начинают проступать тревожные образы — призрачные тени Ангелов, не нападающие, но наблюдающие. Они словно ждут сигнала, последнего аккорда в, казалось бы, завершённой симфонии инструментальности. В этой неестественной стабильности Синдзи Икари, наконец обретший хрупкое подобие покоя, обнаруживает, что его выбор, его отказ от всеобщего слияния, создал непредвиденную аномалию — уникальную точку сопротивления в гомогенизированном мире, которая может стать как ключом к окончательному исцелению, так и спусковым крючком для финального, непостижимого акта.
Параллельно в засекреченных лабораториях остатки GEHIRN, теперь действующие в тени, фиксируют аномальные колебания в морях ЛКЛ. Рей Аянами, чьё существование после событий финала оставалось загадкой, материализуется в физическом мире, но её связь с человечеством теперь иная — она стала живым мостом между индивидуальным и коллективным. Аска, всё так же яростно цепляющаяся за своё «я», оказывается на передовой нового конфликта, где противник — не инопланетное существо, а сама природа реальности, стремящаяся к новому равновесию. Судьба всех оказывается завязана на поиске ответа: является ли текущее состояние миром, которого они так жаждали, или всего лишь паузой, затишьем перед последней, добровольной жертвой? Пока тихие голоса из прошлого шепчут о невыполненных предназначениях, героям предстоит не сражаться за будущее, а решить, имеет ли это будущее, лишённое боли и одиночества, право на существование, или истинная человечность рождается лишь в мучительном, но необходимом противостоянии с самим собой.
