Шестой сезон «Гинтамы» начинается с того, что в Эдо возвращается старый знакомый — бывший сёгун Токугава Сигэсигэ, который после свержения с престола скрывался в провинции. Он привозит с собой не только слухи о заговоре среди остатков тенгушников, но и странный артефакт — запечатанный свиток, который, по легендам, способен воскрешать мёртвых. Кагура случайно снимает печать, и в городе начинают происходить аномалии: ожившие статуи, призраки прошлого и внезапно воскресшие враги, которых Ёродзуя когда-то победила. Гинтоки, привыкший решать проблемы мечом и сладостями, сталкивается с тем, что против бессмертных его приёмы бесполезны. В это же время Синсэнгуми получает приказ уничтожить свиток любой ценой, а Харусамэ, воспользовавшись хаосом, пытаются захватить власть в Эдо. Гинтоки понимает, что за всем этим стоит не просто магия, а чья-то тщательно спланированная месть, и ему приходится объединиться с бывшими врагами, включая Такасуги и Дзёи, чтобы разобраться в происходящем.
Во втором акте сезона выясняется, что свиток — это ловушка, созданная таинственным кланом алхимиков, которые хотят использовать Эдо как полигон для эксперимента по созданию идеального солдата. Они воскрешают не только мёртвых, но и копируют живых, создавая армию двойников, которые сеют панику и подрывают доверие между союзниками. Гинтоки сталкивается с двойником Синпати, который знает все его слабости, а Кагуре приходится сражаться с копией своего отца, Умибодзу. Кульминация наступает, когда алхимики похищают Кагуру, чтобы использовать её аммианскую кровь как катализатор для ритуала. Гинтоки, оставив позади все шутки и сарказм, врывается в их храм в компании Хидзикаты, Такасуги и даже Садахару, который неожиданно проявляет способность чувствовать фальшивую энергию. Финальная битва превращается в абсурдный фарс: двойники начинают бунтовать против создателей, требуя зарплату и выходные, а главный злодей оказывается старым должником Гинтоки, который просто хотел вернуть свои деньги. Сезон заканчивается тем, что Ёродзуя снова спасает город, но свиток остаётся целым, и Гинтоки, вздыхая, прячет его в холодильник рядом с мороженым, обещая разобраться с ним «когда-нибудь потом».
