В мире, где монстры-кайдзю стали привычной частью пейзажа, а их уничтожение превратилось в рутинную работу для специальных сил, существует секретная программа «Куро». Её суть проста и чудовищна: брать девушек, обладающих уникальной психической совместимостью с биоматерией поверженных гигантов, и превращать их в живые боевые единицы. Главная героиня, обычная старшеклассница по имени Куро, оказывается втянутой в этот водоворот после того, как её сестра, одна из первых «пилотов», трагически погибает во время сражения. Желая понять правду и занять место сестры, Куро проходит болезненную процедуру слияния с останками древнего кайдзю, обретая способность частично трансформировать своё тело в оружие и броню монстра. Теперь её жизнь — это балансирование на грани: днём она пытается сохранить остатки человечности и ходить в школу, а ночью выходит на охоту, сражаясь с новыми, всё более опасными тварями, которые, кажется, обладают зловещим интеллектом.
Однако чем глубже Куро погружается в мир «Куро», тем яснее становится, что кайдзю — не просто слепая сила природы. Она начинает видеть фрагменты памяти монстра, с которым слилась, и понимает, что эти существа когда-то были разумной цивилизацией, уничтоженной людьми в древности. Параллельно выясняется, что военная корпорация, курирующая программу, использует девушек не только как оружие, но и как расходный материал для экспериментов по созданию идеального солдата. Куро сталкивается с другими «пилотами», каждая из которых по-своему борется с безумием и потерей себя: одна пытается сбежать, другая жаждет власти, третья — просто хочет выжить. Внутренний конфликт нарастает: человеческая часть Куро хочет защитить близких, но звериная сущность требует мести и разрушения. Когда на город нападает кайдзю, который оказывается её собственной сестрой, перерождённой и лишённой воли, Куро приходится сделать невозможный выбор — уничтожить то, что когда-то было её семьёй, или позволить монстру внутри себя взять верх окончательно.
