501-й истребительный авиационный отряд «Штурмовые ведьмы» возвращается. После победы над Нептуном и освобождения Европы от Невроя мир наконец-то вздохнул спокойно. Но для девушек с небесными магическими крыльями наступает самое трудное время — время прощания. Приказ о расформировании отряда подписан, и каждая из ведьм получает новое назначение. Кто-то отправляется в другие части, кто-то возвращается домой, а кто-то остается на базе в ожидании новых приказов. Йошика Мияфудзи, вернувшаяся из Фуоки, застает опустевшие коридоры и тишину в столовой, где раньше не умолкали споры и смех. Командир Сакаэ Мио ведет последние бумажные дела, а техники уже начали консервацию самолетов. Кажется, что история «Штурмовых ведьм» подошла к концу, но небеса решают иначе.
Внезапно над Тихим океаном фиксируется аномальная активность Невроя — неизвестный ранее тип врага, который не реагирует на стандартные тактики и использует странные электромагнитные помехи. Старые частоты связи глушатся, а ближайшие подразделения не могут подняться в воздух из-за внезапного шторма. Единственный шанс — собрать 501-й отряд в полном составе, ведь только их сыгранность и уникальные магические способности могут противостоять новой угрозе. Мио отменяет приказы о переводе, и по всему миру разлетаются срочные вызовы. Линетт Бишоп бросает упаковку чая на пол и бежит к ангару, Эрика Хартманн вылетает с учебной базы без разрешения, а Шарлотта Йегер прерывает отпуск на пляже. За считанные часы легендарный 501-й снова собирается вместе, чтобы в последний раз подняться в небо и доказать, что даже расформирование не способно разорвать узы, скрепленные кровью и магией. Их ждет битва, в которой ставки выше, чем когда-либо — на кону не просто победа, а само право оставаться ведьмами, защищающими мир.