Токио, 2036 год. Человечество победило болезни и старость благодаря революционной системе «S.H.E.L.L.», которая перепрограммирует клетки тела, делая людей практически бессмертными. Однако у этой утопии есть теневая сторона — «Неполноценные», те, чья система дала сбой. Они теряют человеческий облик, превращаясь в чудовищ, и подлежат немедленной ликвидации. Ёдзо Оба, молодой человек, живущий в трущобах и страдающий от апатии, считает себя частью этого отброшенного общества. Он не видит смысла в вечной жизни, когда вокруг царит социальное неравенство и коррупция. Всё меняется, когда он случайно сталкивается с бандой, преследующей загадочную девушку по имени Ёсико Хираи. В попытке защитить её, Оба погибает, но в последний момент его воскрешает таинственный незнакомец, внедрив в его тело экспериментальный наночип. Оба становится обладателем нечеловеческой силы и способности чувствовать боль других, но теперь он сам превращается в объект охоты для элитного отряда полиции.
Пробудившись, Оба обнаруживает, что его спаситель — доктор Масао Хорики, гениальный учёный, который создал «S.H.E.L.L.», но теперь пытается её разрушить. Хорики объясняет, что система — это не благословение, а клетка, лишающая людей эмоций и воли, превращая их в послушных марионеток. Оба, чей наночип позволяет ему игнорировать контроль системы, становится единственным, кто способен добраться до ядра «S.H.E.L.L.» и остановить её. Но на пути стоят не только бездушные киборги-полицейские, но и его собственные демоны. Оба вынужден столкнуться с правдой о своей прошлой жизни, о том, что его апатия и чувство неполноценности были искусственно навязаны. В финальной схватке, балансируя на грани между человеком и монстром, он понимает: истинная свобода — это не бессмертие, а право на боль, ошибки и конечность бытия. Ему предстоит решить, уничтожить ли систему, даровав людям смертность, или оставить всё как есть, обрекая человечество на вечное, но пустое существование.
