Сенку Ишигами, гениальный юный ученый, и его верный друг Тайджу Оки, крепкий парень с добрым сердцем, заканчивают среднюю школу. Впереди — лето, полное планов и надежд. Сенку, как всегда, поглощен своими экспериментами, а Тайджу пытается набраться смелости, чтобы признаться в любви своей подруге детства, Юдзурихе Огаве. Но их беззаботное существование обрывается в один миг. По всему миру прокатывается загадочная вспышка зеленого света, и все человечество, от мала до велика, превращается в камень. Сенку, застывая в последние секунды, успевает осознать произошедшее и, обладая уникальным складом ума, начинает вести отсчет времени. Он знает: пройдут тысячелетия, но он обязательно проснется и изменит мир. Этот эпизод — не просто пролог, а горькое прощание с привычной жизнью, где последние мгновения свободы наполнены простыми человеческими радостями, которые вот-вот будут стерты на тысячи лет.
Проходит 3700 лет. Сенку пробуждается в мире, где цивилизация рассыпалась в прах, а природа поглотила все рукотворные сооружения. Он не впадает в отчаяние. С холодным расчетом и железной логикой он начинает свой грандиозный план по возрождению науки. Первым делом он находит Тайджу, чья невероятная физическая сила становится идеальным инструментом для воплощения идей Сенку. Вместе они спасают от каменного плена еще нескольких выживших, включая красавицу Юдзуриху и местного задиру Цукасу Шишио, который оказывается не просто силачом, а бывшим учеником старшей школы с собственным, пугающе ясным видением будущего. Пока Сенку мечтает о мире, объединенном наукой, Цукаса видит в ней лишь оружие, которое испортило старый мир. Их идеологическое столкновение неизбежно, и первый же конфликт раскалывает маленькую группу выживших. Эпизод заканчивается тем, что Сенку, лишившись поддержки и столкнувшись с предательством, понимает: чтобы построить новое царство науки, ему придется пройти через настоящую войну — войну идей, где на кону стоит само будущее человечества.
